С 4 в. до н. э. до 6 в. н. э. на территории Самарканд существовал г. Мараканда - столица государства Согд, вошедший затем в состав Тюркского каганата. В 329 был взят войсками Александра Македонского. В начале 8 в. городом завладели арабы; в 9-10 вв. находился под властью Саманидов; в 11 в. завоёван Караханидами, а затем турками-сельджуками, в середине 12 в. - каракитаями; в начале 13 в. входил во владения хорезмшахов. В 1220 монголо-татары разрушили Самарканд В конце 14 - начале 15 вв. - столица империи Тимура. При Улугбеке была построена астрономическая обсерватория (1424-29). В этот период Самарканд - крупный экономический и культурный центр Средней Азии. В 1500 вошёл в состав Шейбанидов государства, столица которого в середине 16 в. была перенесена из Самарканд в Бухару. В конце 16 в. Самарканд находился в Бухарском ханстве. В 1868 был занят царскими войсками и включен в состав Российской империи, стал центром Зеравшанского округа, с 1887 - Самаркандской областью. В 1896 Самарканд соединён железной дорогой с Красноводском, в 1899 - с Ташкентом. В конце 19 - начале 20 вв. в Самарканд развивается промышленность (хлопкоочистительная, кожевенная, пищевая и др.). Первые революционные выступления рабочих происходили в 80-90-е гг. В начале 20 в. в создании социал-демократических организаций активно участвовали политические ссыльные. Советская власть была провозглашена 28 ноября (11 декабря) 1917. Самарканд вошёл в состав Туркестанской АССР. В 1924-30 Самарканд -столица Узбекской ССР; с 1938 - областной центр. В октябре 1970 отмечалось 2500-летие Самарканд; 5 февраля 1971 Самарканд награжден орденом Ленина.

  Самарканд - второй (после Ташкента) по населению и промышленному развитию город Узбекистана (68 крупных промышленных предприятий). В 1-й пятилетке (1929-32) были введены в строй шёлкомотальная и шёлкоткацкая фабрики, фруктоконсервный завод, чаеразвесочная фабрика. Во время Великой Отечественной войны 1941-45 в Самарканд эвакуированы заводы «Красный двигатель» (запасные части к тракторам и автомобилям), «Кинап» (киноаппаратура и др.), табачно-ферментационный; прядильная фабрика. С 1948 работает суперфосфатный завод, вступили в строй обувная фабрика (1959), домостроительный комбинат (1961), мебельная фабрика (1966); в 1970 сданы в эксплуатацию фарфоровый завод и швейная фабрика, стали выдавать продукцию заводы лифтостроительный, домашних холодильников, «Гелион» (бывший радиодеталей). Кроме того, имеются предприятия лёгкой, пищевой и других отраслей промышленности. По газопроводу Бухара - Ташкент поступает газ.

  В северо-восточной части Самарканд - городище Афрасиаб с Музеем истории основания города Самарканд; ансамбль мавзолеев Шахи-Зинда, культовый комплекс Биби-Ханым (1399-1404) - руины грандиозной соборной мечети с богатым фаянсовым и резным мраморным декором (в интерьерах - настенные орнаментальные росписи) и 8-гранный мавзолей с крестовидным в плане залом (изразцы, росписи) и склепом. В центре старой части Самарканд - ансамбль площади Регистан. К Ю. от него - мавзолеи Гур-Эмир , Аксарай (1470-е гг., в основе - крестовидный в плане зал с кельями и пышным мозаичным и сталактитовым декором), Рухабад (1380-е гг.). К Ю.-В. от Регистана - руины мавзолея Пшрат-хана (1464; крестовидный в плане купольный центральный зал с 2-этажными боковыми приделами); мемориальный комплекс у мавзолея Абди-Дарун (15 в.). В Самарканд сохранились также мавзолей 15 в. Чупан-ата, медресе Ходжа-Ахрара (1630/31), мечеть Хазрет-Хызр (на древнем фундаменте, 19 - начала 20 вв., архитекторы Усто-Баки, Усто-Абдукадыр) и др. В советское время Самарканд перепланирован (прямоугольная и старая радиальная сетки улиц с широкими озеленёнными проспектами и площадями) с сохранением его архитектурных памятников. В 1969 утвержден проект схемы генерального плана Самарканд (руководитель проекта архитектор Т. Н. Калиновская, главный инженер К. П. Орчаковский). 11-этажная гостиница «Самарканд» (1971, архитекторы О. Айдинова, А. Бадаев).